申告内容が否認されたら

税務調査とは？

基本税務申告は自主申告です

まずは記帳内容が正しいか？

税務調査の際、単純にまず確認されるのが、期中の記帳内容です。売上（保険診療の振込額、自己負担額や予防接種や健康診断の収入金額）が全部正しくその年の収入に反映されているか？材料費や外注費は売上分に連動して計上がされているか？この辺りではクリニックの調査でそんなに大きな認識のズレが出る事はありませんが、一番問題になりやすいのが経費です。例えば個人事業なら、自家用車の事業の使用割合やクリニックの場合ですと医師仲間とのゴルフや親族へ払った給料の額の多寡等会社側と税務当局との見解の相違間違っているか間違っていないのか。むしろ事実の認識が全く合うという方がめずらしいようです。

その他の所得

ドクターの場合ですと、その勤務形態自体がアルバイト（給与所得者）として病院で働いているのか、個人事業者として病院から業務の委託を受けているのかの判断で税務署との見解が違ってくるケースもあります。給与所得者なら給与所得控除が受けられますが、研究用の図書の購入費や学会への参加費を経費とする事ができません。平成29年は給与所得控除（サラリーマンの必要経費）の上限が給与収入1000万円で220万円となっていますので、これまで以上に所得の区分での争いが出てくるのではないでしょうか

税務調査の結果

修正申告？更正

何日かの税務調査の結果、当初の納税額が少ないと調査官が判断すると「この部分を訂正して修正申告を出して下さい」と修正申告の勧奨をしてくると思われます。こちらも「その通りです。こちらの判断が間違っていました。」と思われるのでしたら、修正申告の提出に応じて、不足の税額を付帯税を納めればそれで税務調査は終了しますが、調査官の判断に納得がいかない場合には修正申告書は提出しません。その場合税務署長の名前でこの税額を払えという更正処分がなされます。

税務調査の結果に納得がいかない場合

税務署長からの更正処分に納得がいかない場合には「国が決めた事なのだからしょうがない。」と諦めて言われた税額を払え。という風に税法はできていません。更正処分に納得がいかない場合には、更正の通知があってから3か月以内に税務署長に対して再調査の請求を行う（税務署長が行った処分に対して税務署長に再調査の請求を行って結果が変更されるか？という疑問はありますが実際は10％～20％程度は納税者の言い分が認められているようです。）又は、国税不服審判所への審査請求を行う事になります。その結果も納得がいかない場合には国税不服審判所の採決から6か月以内に裁判所へ提訴する事になります。
税務署の処分に不服がある時　国税庁HP

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